Los estudios arqueológicos, los documentos escritos, el testimonio de la Tradición, los últimos descubrimientos sobre la inscripción en la base y sobre el diseño, los datos comparados con otras copas similares en el mundo, las referencias de la liturgia primitiva, los estudios desde distintas disciplinas científicas, e incluso las leyendas griálicas hacen perfectamente verosímil que el Santo Cáliz de Valencia estuviera en las manos de Jesucristo en la Última Cena, y en la que se realizó la transubstanciación de la Sangre del Redentor. Por el contrario, ningún dato se opone a esta convicción.

En el Santo Cáliz destaca la excepcional belleza, la forma perfecta y la riqueza del conjunto, y permite que el visitante se pregunte si está verdaderamente ante el «Cáliz Preclaro» del Señor. La Sagrada Reliquia en su parte superior es una copa en forma de bol, finamente tallada y pulida, que presenta vetas de tonos cálidos cuando refleja la luz. Es de una variante de ágata sardónice (veteada) procedente de la zona entre Alejandría y Siria. Sin ninguna duda es una pieza palestinense realizada en el siglo I a.C. Se trata de una «Copa de Bendición» judía para la Cena ritual de Pascua en la tradición hebrea, la pieza más importante del ajuar de una familia judía.
Esta Copa, bien conocida por los participantes en la Última Cena, es la que usó el Señor y siguieron usando San Pedro y los primeros Papas, hasta San Sixto II, para celebrar la Eucaristía, como atestigua el antiguo Canon Romano de la Misa, traducido al latín de texto anterior en griego: «tomó [el Señor] éste mismo cáliz glorioso en sus santas y venerables manos» (accipiens et hunc praeclarum Calicem), Canon (o Plegaria Eucarística) que estaba reservado primitivamente al Obispo de Roma, y que es el único que usa la expresión «éste mismo» («et hunc») para referirse al Cáliz del Señor, con el que los primeros Papas celebraban.
Durante la persecución de Valeriano (año 258 d.C) el diácono San Lorenzo la envió a su familia, en Loreto, Huesca. Durante la invasión musulmana fue escondida en distintos lugares de los Pirineos hasta que pasó al monasterio de San Juan de la Peña.
En el siglo XI, para su protección, la sagrada Copa se completó con el rico relicario. La base (una copa invertida, con una misteriosa inscripción) y la unión (con las asas las perlas y piedras preciosas), pero la delicada Copa se mantuvo austera, sin adornos, tal como estaba en el siglo I.
En 1399 el Santo Cáliz pasó al Relicario de la Corona de Aragón. El Rey Martín “el Humano” fue quien lo pidió a los mojes de San Juan de la Peña y se lo entregaron incorporándose a este real relicario y fue pasando hasta el Rey Alfonso “el Magnánimo” quien lo trasladó a su palacio en Valencia, y finalmente lo entregó a la Catedral de esta ciudad en 1437, donde se venera desde entonces.
De la Catedral ha salido en contadísimas ocasiones (para salvarlo de guerras y persecuciones, y en visitas de agradecimiento a los lugares en lo que fue salvado en esas ocasiones). Los Papas San Juan Pablo II (1982), y Benedicto XVI (2006) celebraron la Eucaristía en Valencia con este glorioso Cáliz, como Jesús en la Última Cena y como los Papas hasta el siglo III.
En el año 2015 se abrió el primer Año Jubilar Eucarístico del Santo Cáliz que se renueva cada cinco, concesión otorgada por el Papa Francisco I.

El Santo Cáliz siempre ha sido venerado como verdadera y valiosa reliquia de la Pasión de Jesucristo. Tiene un altísimo valor arqueológico, histórico, artístico y cultural, pero su mayor valor reside en que es la Copa que Jesús vio y tomó en sus manos, y en la que consagró su preciosísima Sangre. Es testimonio de la Eucaristía que nos da la Vida Eterna.
